Что где хранит WINE:
- ~/.wine - собственно наша маленькая, но гордая "винда".
- ~/.config/menus/applications-merged - описание структуры каталогов и ярлыков меню wine.
- ~/.local/share/applications - файловые ассоциации и сами ярлыки wine.
- ~/.local/share/icons - значки приложений, вытащенные из EXE и DLL. На них ссылаются файлы *.desktop из 3-го пункта.
- ~/.local/share/desktop-directories - похоже на описание каталогов wine в меню.
Взято отсюда